רבותינו הראשונים נחלקו אם מצות ספירת העומר בזמן הזה נוהגת מן התורה או מדרבנן, יש אומרים שכיון שהתורה תלתה את מצות ספירת העומר בהבאת קרבן העומר, וכמו שנאמר (ויקרא כג טו): "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה", וכיון שבזמן הזה שאין בית המקדש עומד על תלו אין קרבן העומר נוהג, לפיכך גם מצות ספירת העומר בזמן הזה אינה אלא מדרבנן. בשיטה זו הלכו רוב רבותינו הראשונים, ומהם: התוספות (במנחות סו.), והרא"ש (סוף פרק ערבי פסחים), והרשב"א בתשובה (חלק א סוף סימן קכו), ועוד. וכתב הר"ן (בסוף פרק ערבי פסחים), שרוב המפרשים כתבו שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן, כיון שאין הבאה ולא קרבן, וכמו שאמר אמימר (במנחות סו.) זכר למקדש בעלמא הוא. אבל הרמב"ם (בפרק ח מהלכות תמידין ומוספין) כתב, שמצות ספירת העומר מוטלת על כל איש בכל מקום ובכל זמן. ובשיטה זו הולך גם רבינו אבי העזרי, הראבי"ה, הובאו דבריו בטור (סימן תפט). וכיון שלדעת הרמב"ם וראבי"ה גם בזמן הזה מצות ספירת העומר נוהגת מן התורה, בודאי שצריך כל אחד להזהר למנות הספירה בכל יום, ולא לשכוח מלספור הספירה אפילו לילה אחד. ואף על פי כן העיקר להלכה כשיטת הראשונים שסוברים שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן.
בשעה ששלח השם יתברך את משה לגאול את ישראל, אמר לו (שמות ג, יב): "וזה לך האות כי אנכי שלחתיך בהוציאך את העם ממצרים תעבדון את האלהים על ההר הזה". כלומר, שעיקר מטרת הוציאי אותם ממצרים, שהם עתידים לקבל את התורה על הר סיני לסוף חמשים יום שיצאו ממצרים. ורמז לו על זה באות נו"ן יתירה של "תעבדון", כלומר לסוף חמשים יום מיום צאתם מארץ מצרים יקבלו את התורה על הר סיני.
וכששמעו כן ישראל מפי משה רבינו ע"ה, היו מצפים וממתינים אימתי יבא יום החמשים שיקבלו את התורה מאת השם יתברך, והיו סופרים הימים מיום צאתם עד יום מעמד הר סיני. ועל זה אמר להם השם יתברך (ירמיה ב ב): "הלוך וקראת באזני ירושלים לאמר, כה אמר ה', זכרתי לך חסד נעוריך אהבת כלולותיך, לכתך אחרי במדבר בארץ לא זרועה". ובשכר הספירה שספרו ישראל בכל יום עד יום מתן תורה, תיקן להם הקדוש ברוך הוא את מצות ספירת העומר, לספור בכל יום, החל ממוצאי יום טוב הראשון של פסח, עד ערב חג השבועות, וכמו שנאמר: שבעה שבועות תספר לך מהחל חרמש בקמה תחל לספור שבעה שבועות.
נמצא שבעצם מצות ספירת העומר יש לימוד זכות על ישראל, רמז לצפייתם ליום קבלת התורה. ולכן צריך כל אחד ואחד להשתדל ולשים לבו שלא ישכח לספור ספירת העומר, ואפילו לילה אחד, שמלבד שאם שכח לספור לילה ויום, אפילו פעם אחת, אינו יכול להמשיך ולספור מכאן והלאה בברכה, וכמו שיבואר בהלכות הבאות, הרי הפסיד מצוה יקרה זו שיש בה משום לימוד זכות לכלל ישראל, וכאמור. ואם בכל השנה כולה צריך האדם להתפלל תפלותיו בצבור, ולא ביחיד, על אחת כמה וכמה בימים אלו, ישתדל בכל כחו להתפלל בצבור, כדי שגם אם הוא ישכח לספור ספירת העומר, הרי הצבור יזכירוהו.
נאמר בתורה (ויקרא כא, טו): "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה". וקיבלו חכמינו זכרונם לברכה (מנחות סה:) שפירוש "ממחרת השבת", הוא מחרת יום טוב הראשון של פסח, שהוא יום שבתון.
וכיצד היה סדר קצירת העומר בזמן שבית המקדש היה קיים, שלוחי בית דין היו יוצאים מערב יום טוב, ועושים אותו כריכות במחובר לקרקע, כדי שיהא נוח לקצור, וכל העיירות הסמוכות לשם מתכנסות לשם, כדי שיהא נקצר בעסק גדול, וכיון שחשיכה, אומר להם, בא השמש? אומרים לו: הן. בא השמש? אומרים לו: הן. מגל זו? אומרים לו: הן. מגל זו? אומרים לו: הן. קופה זו? אומרים לו: הן. קופה זו? אומרים לו: הן. ואם חל ליל ט"ז בניסן בשבת, אומר להם: שבת זו? אומרים לו: הן. שבת זו? אומרים לו: הן. אקצור? והם אומרים לו: קצור. אקצור? והם אומרים לו: קצור. שלשה פעמים על כל דבר ודבר, והם אומרים לו הן הן הן, וכל כך למה, מפני הביתוסים שהיו אומרים אין קצירת העומר במוצאי יום טוב. (מסכת מנחות פרק י משנה ג).